Giovanni Pinna è autore di oltre 100 lavori scientifici e di 18 libri di paleontologia, alcuni dei quali sono stati tradotti in inglese, francese, tedesco spagnolo, olandese e giapponese. Fra le opere principali citiamo:

Ghiselin M.T., Pinna G. (Editors), 1996 - New perspectives on the history of live: essays on systematic biology as historical narrative. Memoirs of the California Academy of Sciences, San Francisco, 20, 107 pag.

Ghiselin M.T., Pinna G. (Editors), 1996 - Systematic Biology as an Historical Science. Memorie della società Italiana di scienze Naturali e del Museo di storia Naturale di Milano, Milano, 26 (1), 133 pag.

Pinna G., (Ed.), 1999 - Alle radici della storia naturale d'Europa, Jaca Book, Milano, 254 pag.

Pinna G., 1992 - Paleontologia. EDO, Jaca Book, Milano, 78 pag.

Pinna G., 1993 - Paleontologia ed evoluzione. EDO, Jaca Book, Milano, 79 pag.

Pinna G., 1995 - La natura paleontologica dell'evoluzione. Einaudi, Torino, 500 pag.

Pinna G., 1999 - Placodontia (Reptilia Triadica). In Westphal F. (ed.): Fossilium Catalogus, Pars 136. Backhuys Publishers, Leiden, 75 pag.

Pinna G., 2000 - Declino e caduta dell'impero ei dinosauri. Il Saggiatore, Milano, 250 pag.

Pinna G., Mazin J:M. (Editors), 1993 - Evolution, ecology and biogeography of the Triassic Reptiles. Paleontologia Lombarda, Milano 2, 171 pag..